FIFA 16 là lần đầu tiên các cầu thủ nữ xuất hiện, với 12 đội tuyển quốc gia: Úc, Brasil, Canada, Trung Quốc, Anh, Pháp, Đức, Ý, México, Tây Ban Nha, Thụy Điển và Hoa Kỳ. Sự vắng mặt đáng tiếc nhất là á quân World Cup 2015 đội tuyển Nhật Bản, do liên đoàn bóng đá nước này đã có thỏa thuận với công ty trò chơi đối thủ của EA là Konami. Vào thời điểm ra mắt, có ba chế độ chơi mà người chơi có thể điều khiển các đội nữ: giao hữu offline (Match Day), giao hữu trực tuyến và một giải đấu dựa trên Giải vô địch bóng đá nữ thế giới.

Game bao gồm 50 sân vận động giống với thực tế trên tổng số 78 sân vận động.[3] Fratton Park, sân nhà của câu lạc bộ Portsmouth, được thêm vào game để vinh danh Simon Humber, cổ động viên của Portsmouth và giám đốc sáng tạo của loạt game FIFA, người mất vào năm 2015 vì căn bệnh ung thư.[4]

Một chế độ tập luyện cũng được thêm vào mục Career Mode cho phép người chơi phát triển các cầu thủ trong đội mà mình quản lý mà không nhất thiết phải cho họ thi đấu.[5] Nó cho phép người chơi định hướng cho cầu thủ mà họ muốn phát triển và làm tăng giá trị chuyển nhượng của cầu thủ.[6] Cũng trong Career Mode người chơi có thể lựa chọn một giải đấu giao hữu trước khi mùa giải chính bắt đầu. Nếu vô địch các giải đấu này người chơi sẽ được tặng một số tiền vào ngân quỹ phục vụ mục đích chuyển nhượng. Thêm vào đó trong các trận giao hữu này người chơi sẽ được thay người thoải mái. Các tính năng mới bao gồm việc cho mượn 2 năm, ngân quỹ chuyển nhượng thực tế hợp lý hơn và giá trị cầu thủ được cải thiện.[7]

Các tính năng mới cho các hệ máy PlayStation 4, Xbox One và PC bao gồm giới thiệu trước trận đấu mới dành cho giải Bundesliga, thời tiết và thời gian bắt đầu trận đấu mới, cũng như việc dùng bình xịt trong các quả phạt trực tiếp.[8]